Организационная структура федерального государственного бюджетного военного образовательного учреждения высшего образования «Военно-медицинская академия имени С.М.Кирова» определяется штатом в порядке, установленном Министерством обороны Российской Федерации. Общая численность личного состава более 16 тыс. человек.
1 сентября 2015 года в структуру академии был включен филиал федерального государственного бюджетного военного образовательного учреждения высшего образования «Военно-медицинская академия имени С.М.Кирова» Министерства обороны Российской Федерации, созданный на фондах Института усовершенствования врачей МУНКЦ имени П.В.Мандрыка.